W starożytności ziemie dzisiejszej Bośni i Hercegowiny były zamieszkiwane przez plemiona Ilirów, Traków i Celtów. Od I wieku p.n.e. Bośnia wchodziła w skład rzymskiej prowincji Dalmacja.

W wieku VI i VII na terytorium Bośni i Hercegowiny przybyły plemiona ludów słowiańskich. Od X wieku ziemie te były przejściowo zależne od Bizancjum i Serbii, a od XII wieku od Królestwa Węgier. Węgry pod pozorem zwalczania bogomolców (ruchu religijno-społecznego powstałego wśród Słowian bałkańskich) narzuciły Bośni swe zwierzchnictwo. Pod koniec XIV wieku, za rządów Trvka I (1338-1391) z rodu Kotromanic - pierwszego króla Bośni (panował w latach 1377-1391) - Bośnia stała się państwem samodzielnym i niepodległym. Następcy Trvka I znowu stali się wasalami Węgier, a Bośnia rozpadła się na księstewka feudalne. W XV wieku z Bośni wyodrębniła się jej południowo-zachodnia część, która przyjęła nazwę Hercegowina.

Po niszczących najazdach Turcy osmańscy ostatecznie podbili Bośnię w roku 1463 i Hercegowinę w 1482 roku. Rządy tureckie przyniosły zahamowanie rozwoju gospodarczego (najżyźniejsze ziemie przypadły sułtanowi i dowódcom wojskowym) oraz ucisk i prześladowania miejscowej ludności, co doprowadziło do wybuchu wielkiego powstania antytureckiego w Bośni w roku 1875, a w następnym roku również w Hercegowinie. Masakry ludności dokonywane przez wojska tureckie wywołały wojnę rosyjsko-turecką w latach 1877-1878. Kongres berliński w 1878 roku przyznał Austro-Węgrom prawo do wojskowej okupacji i administracji Bośni i Hercegowiny, ale pozostawił ją pod nominalnym zwierzchnictwem sułtana tureckiego. Aneksja Bośni i Hercegowiny przez Austro-Węgry w 1908 roku wywołała wrzenie w kraju. Radykalna młodzież (Młoda Bośnia) organizowała zamachy na przedstawicieli władz austriackich. To ona zorgaznizowała przy pomocy Serbii (zainteresowanej również tymi terytoriami) zamach na arcyksięcia Franciszka Ferdynanda i jego żonę, Zofię w Sarajewie, który rozpoczął I wojnę światową.

W 1918 roku Bośnia i Hercegowina weszła w skład nowo powstałego Królestwa SHS rządzonego przez Piotra Karadziordziewicia (od 1929 roku Królestwo Jugosławii). W czasie II wojny światowej w roku 1941 została włączona do Niezależnego Państwa Chorwackiego. Zdobyta w 1945 roku przez oddziały Josipa Broz Tito, weszła w skład Jugosławii jako republika związkowa, w której pozostawała do 1991 roku. W roku 1977 MKOL przyznał stolicy Jugosłowiańskiej Republiki Bośni i Hercegowiny - Sarajewu organizację Zimowych Igrzysk Olimpijskich. Olimpiada odbyła się w 1984 roku.

W maju 1991 roku parlament Bośni i Hercegowiny proklamował niepodległość, popartą przez mieszkańców w referendum i uznaną w kwietniu 1992 roku przez EWG i USA. W marcu 1992 roku rozpoczęły się walki między Serbami, a Muzułmanami i Chorwatami o podział Bośni i Hercegowiny. Mediacja ONZ i Unii Europejskiej oraz obecność wojsk ONZ nie doprowadziły do zaprzestania walk o podział kraju. Spokój przyniosło dopiero porozumienie przywódców stron konfliktu w Dayton (Stany Zjednoczone) w 1995 roku. Przy zachowaniu jedności państwowej Bośni i Hercegowiny utworzono Federację Bośni i Hercegowiny położoną na południowym zachodzie (chorwacko-muzułmańską) i Republikę Serbską (serbską) położoną na północnym wschodnie. W roku 2004 jednostki NATO zostały wycofane i zastąpione przez siły stabilizacyjne UE - EUFOR.